Omicron: Bagaimana cara mendeteksinya?

Kasus pertama varian virus corona baru Omicron mulai dideteksi di berbagai belahan dunia, setelah dilaporkan oleh para ilmuwan di Afrika Selatan sebagai galur baru yang berpotensi membahayakan.

Varian tersebut telah menyebar ke lebih dari selusin negara, banyak di antaranya telah memberlakukan larangan perjalanan.

Tes apa yang digunakan untuk mendeteksi Omicron?

Tes PCR, yang menggunakan sampel swab dari hidung dan tenggorokan, mendeteksi apakah seseorang terinfeksi virus corona.

Sampel swab dikirim ke laboratorium untuk dianalisis. Beberapa laboratorium juga dapat membantu mengidentifikasi varian tertentu, misalnya Delta atau Omicron.

Baca juga:

• Omicron: Gejala-gejala terkena varian baru virus corona menurut dokter yang mendeteksi
• Hal-hal yang perlu diketahui tentang varian Omicron
• Varian Covid: Omicron menyebar, apakah kita perlu vaksin baru?

Teknik yang saat ini digunakan untuk deteksi dini Omicron disebut 'S-Gene Target Failure' (SGTF).

Omicron diketahui mengalami mutasi pada protein spike (S), sehingga bila dideteksi dengan PCR, ia tidak terdeteksi (failure) sementara gen lainnya positif.

Di Indonesia, Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin mengatakan Kemenkes telah mengaktifkan 12 laboratorium tes PCR di setiap perbatasan negara untuk mengecek sampel virus dari pelaku perjalanan yang terkonfirmasi positif Covid-19 dengan metode SGTF. Metode yang sama juga diterapkan di 1.800 laboratorium Kemenkes.

"Saya kemarin sudah video conference dengan semua (petugas) laboratorium termasuk, laboratorium kesehatan daerah, strategi testingnya kita perbaiki, kita perkaya dengan namanya metode SGTF ini," katanya pada Rabu (01/12) seperti dikutip kantor berita Antara.

Menteri Kesehatan Indonesia Budi Gunadi Sadikin mengatakan ia telah mengarahkan agar pengurutan genom atau whole genome sequencing difokuskan pada SGTF supaya Indonesia dapat lebih cepat mendeteksi Omicron.

"WGS itu nanti jadi panjang, ada 30.000 basa dari gen virus yang kita harus urutkan. Kita ambil yang mahkota virusnya saja, itu bisa turun dari 30.000 ke 3000 atau 5000 sekuens dari basanya sehingga bisa lebih cepat," ujarnya.

Bagaimana kita tahu bahwa Omicron telah menyebar ke berbagai belahan dunia?

Hasil swab PCR yang memberikan hasil positif untuk Omicron dikirim ke laboratorium untuk analisis genetik secara penuh, menggunakan teknik yang disebut pengurutan genomik (whole genome sequencing).

Proses ini mengonfirmasi bahwa beberapa orang telah terinfeksi dengan varian baru tersebut.

Analisis laboratorium terhadap materi genetik virus adalah kunci untuk mendeteksi varian dan mengetahui sifat-sifatnya.

Banyak kasus infeksi Omicron tidak terdeteksi karena proses ini bisa memakan waktu berminggu-minggu.

Sudah ada 77 kasus yang telah dikonfirmasi sebagai varian Omicron di Provinsi Gauteng, Afrika Selatan, yang dapat mencakup hingga 90% dari seluruh kasus baru di sana.

Baca juga:

• Apakah varian Omicron memang sangat berbahaya?
• Varian Omicron muncul, Dubes RI di Afsel sebut 'antrean vaksinasi panjang'
• Covid di Indonesia dapat mencapai 400.000 kasus, varian baru perlu diwaspadai

Varian tersebut tampaknya paling banyak menyebar ke Eropa. Portugal dan Belanda masing-masing melaporkan 13 kasus terkonfirmasi, dan Inggris melaporkan 14.